解析の原理

 

  1. コントロールとテスト群の比較から判明した遺伝子発現変動比が大きかった遺伝子群(発現の変動が大きかった遺伝子群) について、それらの転写開始点上流に多く含まれる転写因子結合サイトを、転写因子結合サイトデータベースであるTRANSFACを用いて分析します。同時に発現変動比が小さかった遺伝子群(発現の変動がなかった遺伝子群)に対しても同様の分析を行い、この2つの結果を比較して、発現変動比が大きかった群に多く見つかってきた転写因子結合サイトを導き出します。
  2. 得られた転写因子結合サイトについて、 TRANSFACを用いてこれらのサイトに結合する転写因子 (タンパク質) を特定します。
  3. これら転写因子群の遺伝子は通常判っていますので、これらの遺伝子に対して、先ほどと同様に転写開始点上流の転写因子結合サイト探索を行い、先ほどの発現変動比が小さかった遺伝子群の転写因子結合サイト探索結果と比較し、結合転写因子の遺伝子群で多く見つかってきた転写因子結合サイトを導き出します。
  4. ②と同様に、見つかってきた転写因子結合サイトに結合する転写因子 (タンパク質) を特定します。以後、②~③を繰り返し、遺伝子発現制御カスケードの上流に遡っていきます。

以上のような方法で、発現アレイで計測された発現量の変化を説明できるシグナル伝達カスケードおよびそのカスケード上流にある原因因子を推定するのが、「遺伝子発現カスケード解析」の原理となります。

なお、geneXplain社の原理説明ページもございます(英語)。